新发传染病往往对人类健康、社会稳定和经济发展带来巨大冲击，因此其防控一直受到政府和全社会的高度重视。据统计，引起全球人类新发传染病疫情的病原体70%以上来自野生动物源性病原体的跨种感染。然而由于以往我们对野生动物病原体的背景及特征缺乏系统性的研究，当面对新发传染病暴发时，严重制约了诊断、溯源、防治并采取及时有效的防控措施。因此，阐明与人类新发传染病关联性密切的野生动物病毒组特征，并以此为基础建立新发传染病监测、预警、诊治和溯源等防控体系，实现新发传染病防控由被动应对转向主动防控已成为全球传染病防控和科学工作者的共识。2017年底《科学》杂志发表文章全面阐述了开展全球野生动物病毒组研究的意义。

翼手目动物（蝙蝠）和啮齿目动物（鼠类）数量多、分布广，是引发动物源性人类新发传染病的两大类最主要的哺乳类野生动物。金奇课题组的吴志强副研究员等继2016年在《ISME Journal》等杂志发表系列文章初步揭示了全国范围内代表性蝙蝠呼吸道/消化道病毒组特征后，接续与国家疾病预防控制中心等国内外单位合作共同开展了中国境内啮齿目动物携带病毒组特征的研究工作，通过对覆盖中国20个省市自治区和直辖市55个种共计3055只啮齿动物等小动物样本的病毒筛查分析，利用得到的65.6GB的测序数据发现我国啮齿目动物的病毒涉及70个病毒科（包含23个哺乳动物病毒科），鉴定获得了超过600个新的型/亚型病毒，可分类为203个新的病毒种。其中一些重要病毒如汉坦病毒、砂粒病毒、冠状病毒和动脉炎病毒等基因组结构、分布地域和宿主等特征。

上述研究为国际上首次大范围、多鼠种、全病毒组的研究，该类数据和特征体系的构建不仅有助于全面了解动物病毒生态的多样性，而且为构建动物源性传染病预警、溯源诊治体系提供了重要基础，为提升我国新发突发传染病防控能力提供了技术支撑。此外，该项工作也为我所重大突发公共卫生事件等科技支撑能力建设等提供了保障。