人体微生物组研究飞速发展，多项研究表明人体肠道共生微生物在肿瘤、代谢性疾病、神经精神疾病、炎症性疾病等多种疾病发生发展中扮演重要角色，因此，近年提出从功能微生物组角度来阐释其与在人体疾病发生中的调控作用，采用的宏转录组测序方法不仅能获得活性微生物组谱，还有助于揭示更多的功能元件，同时可以获得人体的转录组，探究微生物组和宿主之间的相互作用。与肠道微生物组研究领域比较，肺部微生物组研究进展较慢，已有的研究多基于16S测序数据，且对肺部微生物组组成与临床特征的关联尚不完全清晰。王健伟课题组的任丽丽研究员等，通过对25名慢性阻塞性肺疾病（COPD）和9名正常对照人群肺部灌洗液中存在的功能微生物组的研究，发现肺部存在三种不同的微生物组成，它们与菌总量，Th17细胞分化和COPD加重频次显著相关。该结果支持人体肺功能微生物组存在不同“核心主成分”特征，并与人体免疫调控密切相关。这项研究是首次从功能微生物组角度阐释了肺部微生物组组成特征，对于深入了解肺微生物组在维护局部微环境稳态作用，以及阐释呼吸道感染机理方面提供了新的视角。该论文以题为Transcriptionally Active Lung Microbiome and Its Association with Bacterial Biomass and Host Inflammatory Status》在线发表在《mSystems》杂志，被主编选定为当期Editor’s Pick。