全球新发突发病毒性传染病不断涌现，严重威胁人类健康、经济发展、社会稳定和国家安全。快速准确地筛查确证引发疫情的病毒，是病毒性传染病疫情应急处置及综合防控链条中的关键所在。然而由于病毒种类多、差别大、变异快及动物来源新病毒跨种传播等原因，使新发病毒的快速检测成为全球性难题。

近年来新兴的宏基因组学技术可以在一次实验中获得检测样本内所有生物基因组的序列片段，具有所需样本量少、通量高、灵敏度高及时间短等特点，为解决新发病毒的高通量快速组合检测难题开辟了新的路径。因此，宏基因组技术用于病毒检测的方法学研究成为了近十年来国际传染病研究领域的焦点之一。但是国际上早期的探索大部分采用了以罗氏454为代表的长序列片段测序技术作为宏基因组研究的基础，存在测序深度不足而导致检测灵敏度不够等缺陷。我所科研人员准确把握了测序技术的发展前沿趋势，自2008年起在国际上率先尝试利用以Illumina 为代表的短序列片段深度测序技术，开展基于宏基因组的临床样本病毒组合筛查的方法学探索。先后破解了适用于不同临床样本的病毒分离、富集和扩增关键技术，突破了大数据挖掘关键技术，首创了宏基因组数据归一化和病毒信号识别量化指标，成功通过对呼吸道病毒组的系统分析，实现了临床样本的宏基因组学高通量病毒检测。2011年发表的相关研究论文，被《American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine》杂志（俗称Blue journal）的综述文章引证为“最早利用测序技术分析呼吸道病毒组的研究工作之一”，并且被《Nature Biotechnology》杂志2012年首篇相关综述文章列举为了成功利用高通量测序技术进行临床诊断的唯一范例。

近期，我所申请的“基于宏基因组学的病毒感染检测及鉴定方法”发明专利获得正式授权，为我所建立基于宏基因组学的新型病原体组合筛查鉴定实用技术体系奠定了坚实的基础。