淋病是由淋病奈瑟菌引起的全球主要公共卫生问题之一。据世界卫生组织估计，在15-49岁人群中每年有7800万新发感染。我国淋病发病率在2016年至2017年间增长了20.7％。特别是近年来淋病奈瑟菌对抗生素耐药现象的扩散已大幅降低使用抗生素治疗淋病的有效性，从而严重威胁淋病控制效果。因此，追踪耐药淋病奈瑟菌的传播是全球监测计划的一个主要工作。全基因组测序（WGS）已在北美，欧洲和太平洋地区的多个国家使用，以确定淋病奈瑟菌对抗生素的易感性在国家或地区淋病传播中的影响。

在中国医学科学院医学与健康科技创新工程资助下，我所与医科院皮研所合作，从中国淋病奈瑟菌抗性监测计划中获得了分离自11个省、市、自治区的435株临床分离株，其中包括112株头孢曲松低敏株。这些菌株基于多位点序列分型（MLST）研究发现流行的主要序列型（ST）是ST7827、ST7365、ST1600、ST7367和ST7363，未发现美国的主要流行型别ST1901。研究组采用二代测序技术完成了435株淋病奈瑟菌的全基因组测定和分析，将目前国际数据库中的2077株淋病奈瑟菌全基因组数据纳入数据集进行全面的系统发育分析发现，淋病奈瑟菌在进化过程中分为两个谱系：谱系1和谱系2。美国的主要流行型别ST1901主要分布于谱系2.6和2.1，且分布于谱系2.6的ST1901菌株主要是头孢低敏/耐药克隆群，分布于谱系2.1的ST1901菌株是头孢敏感克隆群，这种区别是传统的分型方法无法区分的。我国的菌株中分布于谱系2.8的ST7363菌株均含有易导致头孢耐药的马赛克penA结构，且对头孢曲松的最低抑菌浓度明显高于分布于谱系2.6的ST7363菌株。

该研究评估了淋病奈瑟菌抗生素耐药性基因型与表型之间的关联，并与来自美国和英国的淋病奈瑟菌全基因组数据进行了比较基因组学研究，发现我国的主要流行型别与欧美的流行型别不同。根据系统发育分析提出了全新的淋病奈瑟菌分类方法。该研究是亚洲第一个在国家层面基于WGS的淋病奈瑟菌研究工作，其研究结果不仅可以用作中国未来研究的基线数据，也有助于了解耐药淋病奈瑟菌在区域和全球层面的传播情况。