首批完成新冠病原的快速发现和平行鉴定，代表国家首批公布新冠病毒基因组数据。相关贡献入选抗击新冠肺炎疫情中国行动白皮书，为全球疫情防控提供了最关键的病原学依据；快速研发病毒核酸检测试剂，破解早期没有诊断方法这一制约疫情应急防控困境。最早提出联合IgM抗体检测提高PCR诊断率策略，被WHO采纳为指南参考依据。基于构建的抗体分析技术，支持恢复期血浆治疗新冠病毒感染临床研究中；首次揭示新冠肺炎临床特征，指导临床救治。第一次系统性报道了新冠肺炎患者的临床表现和特征等，为我国和世界卫生组织（WHO）临床指南的制定提供了关键的数据参考；首次揭示冷链这一新型病毒传播载体。基于深度测序前沿技术，用宏基因组进化手段确认病毒为境外冷链输入，促进了冷链食品溯源平台等防控策略的建立，为防控制度的优化提供了极为关键的数据参考；承担多项溯源科技攻关任务。2020年1月初即派中坚力量赴武汉开展病毒溯源工作，第一时间开展蝙蝠等野生动物携带冠状病毒本底的研究，初步排除武汉及周边的蝙蝠携带SARS-CoV-2的可能性。2年多来，科研团队跋涉数万公里，持续在我国南部的十几个省份及西南边境等地调研千余个动物栖息地，对近十几年来的野生动物样本进行深度分析，开创性提出SARS-CoV-2的自然起源问题需要在全球多地同步开展研究；坚持科学底线，反对将溯源问题政治化。在国内外普遍关注SARS-CoV-2起源的巨大压力下，根据卫生健康委的部署，我所指派溯源专家作为WHO-中国联合溯源研究的中方专家，站稳科学立场，联合开展溯源研究，为世界卫生组织新冠病毒溯源研究联合专家组的研究报告的科学性严谨性提供了支持；为我国新冠疫苗的科研攻关提供强力支撑。我所赵振东研究员，力担国务院联防联控机制科研攻关组疫苗研发专班技术支持小组组长，为我国新冠疫苗的科研攻关建言献策，提供技术咨询，参与紧急起草了五部门《疫苗生产车间生物安全通用要求》等，为新冠病毒疫苗科研攻关的顺利进行做出了重要贡献。但因长期劳累，在2020年9月赵振东同志不幸牺牲在工作岗位上。