迄今为止全球近百分之八十的人类新发传染病均源自于动物源性病原体跨种感染。目前，由于人类对动物（特别是野生动物）所携带病原体认知有限，因而严重制约了针对引起新发传染病病原体的鉴别和溯源能力。

翼手目动物，即蝙蝠，是许多人或动物新发传染病病原体的自然宿主和储存宿主。2003 年肆虐全球的严重急性呼吸综合征冠状病毒（SARS-CoV）， 2012 年在中东爆发/流行的中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-CoV）, 以及在澳洲和东南亚引起人、猪和马大量死亡的亨德拉病毒（Hendra virus）和尼帕病毒（ Nipah virus ）等，均被证实起源于或直接来源于蝙蝠。而近期在西非引发大规模流行的埃博拉病毒（Ebola virus）也被认为与蝙蝠有关。

正是由于动物源性传染病的病原学研究在新发传染病预警、鉴别和溯源等方面的重要意义。金奇课题组从2012年开始以基于宏基因组学的病毒组学研究方法为手段，较为系统地对分布于我国境内的蝙蝠进行了呼吸/消化道病毒组学研究。通过基于覆盖我国29个省市自治区40个蝠种近5千只蝙蝠的咽拭子和肛拭子样本的病毒组特征分析，首次阐明了蝙蝠样本中的哺乳动物病毒、昆虫病毒、真菌病毒、植物病毒和噬菌体等病毒谱。以哺乳动物病毒为重点，解析了我国代表性蝠种所携带病毒的种类及基因组结构特征。所发现的病毒覆盖19个哺乳动物病毒科和60个非哺乳动物病毒科。从中鉴定并分析了144个新型哺乳动物病毒种（共692个病毒株）的基因组结构。这些病毒与已知的哺乳动物病毒的核酸同源性差异较大（介于29%-95%之间）。此外，该研究还为SARS-CoV、MERS-CoV等病毒的溯源和跨种传播机制研究提供了新的证据与线索。上述研究为国际上首次大范围、多蝠种、全病毒谱的研究，其结果不仅有助于全面了解蝙蝠源病毒的生态多样性，而且为构建新发传染病预警和溯源体系提供了基础，为提升新发传染病病原体的快速鉴别能力提供了支撑。