根据教育部科技发展中心《关于2016年度高等学校科学研究优秀成果奖（科学技术）授奖项目公告的通知》以及《中华医学会关于2016年中华医学科技奖奖励的决定》，我所作为唯一完成单位的“基于宏基因组学的新型病原体组合筛查鉴定实用技术体系及应用”项目荣获教育部高等学校科学研究优秀成果奖科技进步奖一等奖和中华医学科技奖二等奖。

我所获奖项目在国家多个科技计划的支持下，历经十五年的探索、攻关，从解析病原体全基因组序列开始，到自主建立多种病原体基因和毒力因子等数据库，到高通量宏基因组病原体筛查策略和单个感染细胞/病原体的分离、富集和扩增等技术，再到大数据分析的软硬件系统、分析流程及质量控制系统等，自主创新结合集成创新，发展出一套全新的病原体组合筛查实用技术体系。利用该技术体系在国际上首次开展了对蝙蝠和鼠类样本携带病原体的筛查研究（人类多种新发传染病的来源，其所携带病毒与已知病毒基因组的同源性大多低于60%），和临床病例的应用研究，证实其具备了快速、灵敏、特异、准确等特点，可在 72 小时内能够同时检测数千种/型已知和未知病原体，首次基本实现了可同时检测出样品中所有已知和未知病原体的目标。检测能力从一次只能检测几种/型或几十种/型同类别病原体提升为一次能够检测数千种/型各种类别病原体。此外，该技术体系还能够展示样本中病原体谱及量的变化，为评估诊疗效果、了解疾病进程等提供了重要基础。《Nature Biotechnology》杂志将其列为全球成功利用高通量测序技术进行临床诊断的代表之一。该技术体系成功应用于我国甲型 H1N1、H7N9、H10N8 流感及手足口病等历次重大新发传染病疫情以及多次重大医疗任务的病原体筛查、确证等。项目显著提升了我国新发突发传染病的防控、诊治水平，产生了显著的社会和经济效益。